ปัจจุบันการผ่าตัดโรคอ้วนจะทำโดยการผ่าตัดส่องกล้อง (Laparoscopic surgery) ทั้งหมด โดยจะมีเพียงรูแผลเล็กๆ ที่หน้าท้องประมาณ 1 - 6 รู ขึ้นกับเทคนิคการผ่าตัด ซึ่งจะทำให้ความเจ็บปวดภายหลังการผ่าตัดน้อยกว่าการผ่าตัดแบบเปิด ผู้ป่วยฟื้นตัวได้เร็วกว่า และเกิดภาวะแทรกซ้อนน้อยกว่า ชนิดการผ่าตัดมีอยู่หลายแบบด้วยกัน แต่ที่เป็นมาตรฐานและเป็นที่นิยม และมีทำในโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ ได้แก่

1. การผ่าตัดลดขนาดกระเพาะอาหาร (Sleeve Gastrectomy)
  ศัลยแพทย์จะทำการผ่าตัดกระเพาะส่วนใหญ่ให้เหลือกระเพาะประมาณ 20% หรือเหลือความจุประมาณ 100 - 200 มิลลิลิตร โดยเหลือไว้เป็นลักษณะคล้ายท่อแป๊บ หรือรูปกล้วย อาหารจะผ่านลงมาสู่กระเพาะอาหารที่เหลือและผ่านไปยังลำไส้เล็กได้ตามปกติ เพียงแต่มีความจุลดลงเท่านั้น ผู้ป่วยจะสามารถรับประทานอาหารได้เพียงไม่กี่คำ ก็จะรู้สึกแน่น และอิ่มเร็วขึ้น การผ่าตัดชนิดนี้มีความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนค่อนข้างต่ำกว่า การผ่าตัดแบบบายพาส แต่ประสิทธิภาพในการลดน้ำหนักค่อนข้างดี ถึงแม้ว่าอาจจะไม่ดีเท่าการผ่าตัดแบบบายพาสก็ตาม

2. การผ่าตัดลดขนาดกระเพาะอาหารร่วมกับการลัดทางเดินอาหาร หรือ การผ่าตัดบายพาส(Gastric Bypass)
  ศัลยแพทย์จะทำการตัดกระเพาะอาหารส่วนต้นที่ต่อลงมาจากหลอดอาหาร ให้เหลือเป็นกระเปาะขนาดเท่าลูกปิงปอง หรือลูกกอล์ฟ ซึ่งมีความจุประมาณ 20-30 มิลลิลิตร หลังจากนั้นก็ตัดเอาลำไส้เล็กส่วนกลาง มาต่อเข้ากับกระเปาะกระเพาะอาหารที่ตัดไว้ และนำปลายลำไส้เล็กส่วนต้นมาต่อเข้ากับลำไส้เล็กส่วนกลาง อาหารจะผ่านลงมาสู่กระเปาะกระเพาะอาหารซึ่งมีขนาดเล็ก จะทำให้ผู้ป่วยรู้สึกอิ่มเร็วขึ้น หลังจากนั้นอาหารจะเคลื่อนผ่านไปยังลำไส้เล็กที่นำมาต่อไว้ อาหารจะยังไม่สัมผัสกับน้ำย่อยที่สร้างมาจากกระเพาะอาหารส่วนที่เหลือ และที่สร้างมาจากตับและตับอ่อน จนกว่าจะผ่านมาถึงบริเวณที่ลำไส้เล็กมาต่อกัน ซึ่งช่วงที่อาหารยังไม่ถูกย่อยโดยน้ำย่อย ลำไส้ก็จะไม่สามารถดูดซึมสารอาหารได้ นั่นคือกลไกลดการดูดซึมสารอาหาร