การผ่าตัดรักษาโรคอ้วนนั้นมีความเสี่ยงต่ำ เมื่อเปรียบเทียบกับการผ่าตัดชนิดอื่นๆ เช่น การผ่าตัดโรคหัวใจ หรือการผ่าตัดโรคมะเร็ง ซึ่งมีความเสี่ยงสูงกว่า โดยอัตราการเสียชีวิตภายใน 30 วัน หลังผ่าตัดโรคอ้วนนั้น (mortality < 30 days) มีเพียงร้อยละ 0.08 และอัตราการเสียชีวิตที่มากกว่า 30 วันหลังผ่าตัด (mortality > 30 days) มีร้อยละ 0.3 ซึ่งถือว่าต่ำมากกว่า(1) ซึ่งความเสี่ยงเทียบได้กับ การผ่าตัดนิ่วในถุงน้ำดีด้วยซ้ำ

  ภาวะแทรกซ้อนโดยรวมเฉลี่ยประมาณ ร้อยละ 17 ซึ่งส่วนใหญ่เป็นภาวะแทรกซ้อนที่ไม่รุนแรงมาก เช่น ภาวะคลื่นไส้อาเจียน เป็นต้น ภาวะแทรกซ้อนที่จำเป็นต้องกลับมาเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาล (30-day Readmission) น้อยกว่าร้อยละ 6.5 และโอกาสเกิดการรั่วของรอยตัดต่อ น้อยกว่าร้อยละ 1 เท่านั้นจะเห็นได้ว่าจริงๆ แล้ว ภาวะแทรกซ้อนที่สำคัญหรือที่รุนแรงมีโอกาสเกิดขึ้นน้อยมาก อย่างไรก็ตามทุกๆ การรักษาด้วยการผ่าตัดย่อมมีความเสี่ยง และไม่ได้ปลอดภัย 100%

ความเสี่ยงและภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นได้
 • การรั่วของรอยตัดต่อ
 • การตีบตันของรอยตัดต่อ
 • ภาวะเลือดออกบริเวณรอยตัดต่อ และบริเวณแผลผ่าตัด
 • การติดเชื้อ เช่น การติดเชื้อในกระแสเลือด ติดเชื้อในปอด แผลผ่าตัดติดเชื้อหรือการติดเชื้อในช่องท้อง
 • ภาวะลิ่มเลือดอุดตันที่ขา หรือที่ปอด
 • ปัญหาเกี่ยวกับระบบการหายใจ
 • ไส้เลื่อนจากแผลผ่าตัด (incisional hernia) หรือไส้เลื่อนภายในช่องท้อง (internal hernia)
 • แผลที่รอยต่อกระเพาะอาหาร (marginal ulcer)
 • ภาวะขาดสารอาหารและวิตามิน
 • ภยันตรายต่อม้ามระหว่างการผ่าตัด จนต้องตัดม้ามออก
 • ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ (post bypass hypoglycemia)